Po udanej akcji ratunkowej Teruru Ichigayi i bliskim spotkaniu z kolosalnym statkiem klasterowym, Nagate i jego towarzysze wyruszają na kolejną misję. Tym razem czeka ich długa i wyczerpująca podróż na pokładzie nowego krążownika wprost do wnętrza gwiazdy Lem, gdzie mają za zadanie dostarczyć tajemniczy ładunek. Czy pozbawiona wsparcia Sidonii załoga poradzi sobie z hordami pustelniaków, słabnącymi morale i… grasującym po pokładzie podglądaczem?