1940 rok, Afryka Wschodnia. Druga wojna światowa widziana oczami polskiego żołnierza. Porucznik Koïnsky służy w brytyjskim oddziale Long Range Desert Group, którego znakiem rozpoznawczym jest złoty skorpion. W czasie działań wojennych spotyka wojskowych o różnych charakterach i poglądach, są wśród nich: faszysta i oportunista Stella, bezkompromisowy Cush czy kapitan Palchetti – wielbiciel opery i „dyrygent” położonej na pustkowiu twierdzy. Koïnskiego czeka pełna przygód wyprawa przez jałowe wydmy afrykańskiej pustyni, gdzie opuszczone forty i porzucone oazy zamieszkują nietypowe osobowości: waleczne wojowniczki, żądni krwi beduini, romantyczni bardowie i zakochani urzędnicy – wszyscy zostali wciągnięci w konflikt, w którym nikt nie wie, po czyjej stronie powinien się opowiedzieć. W lepkim, gęstym i nieprzyjaznym klimacie Sahary bohaterowie pakują się w tarapaty albo… popadają w szaleństwo. „Pustynne Skorpiony” to opowieść z wyraźnym wątkiem autobiograficznym. Pojawiają się w niej także postaci znane już czytelnikom kultowej serii Hugona Pratta – „Corto Maltese”.