Pierwsze trzy księgi Periphyseonu Eriugeny zawierały imponującą ontologiczną wizję powstania świata, wyłożoną w oparciu o specyficzne odczytanie pierwszych wersetów Księgi Rodzaju, wsparte lekturą źródeł patrystycznych i filozoficznych (platoński Timajos). Można powiedzieć, że zgodnie z neoplatońskim ujęciem rzeczywistości w kategoriach wylew-powrót, pierwsze trzy księgi opisywały proces pochodzenia całej rzeczywistości od Boga, ze szczególnym zaakcentowaniem procesu powstawania sfery przyczyn prymordialnych (natura II). Księga IV natomiast poświęcona jest zagadnieniu konstruowania się rzeczywistości materialnej i roli, jaką odegrał w jej powstaniu człowiek. Eriugena, wspierając się na autorach greckich, zwłaszcza na Grzegorzu z Nyssy i Maksymie Wyznawcy, daje w księdze IV wykład swojej antropologii. Najpierw porusza problem tego, czy człowiek jest czy nie jest zwierzęciem i w jakiej pozostaje relacji do innych istot żywych. Następnie stara się opisać relację człowieka do bytów anielskich po to, aby wykazać, że człowiek zajmuje pośrednią, czyli kluczową pozycję we wszechświecie. Człowiek jest mikrokosmosem, spoiwem łączącym różne poziomy rzeczywistości stworzonej, jako że w nim reprezentowane są zarówno byty podpadające pod zmysły, jak i byty duchowe.
Eriugena pokazuje, w jaki sposób w człowieku dokonuje się jakby powtórne stworzenie świata: człowiek nadaje nazwy wszystkim rzeczom, to znaczy ustanawia je w swoim umyśle. Tak jak istotą człowieka jest jego pojęcie w Bożym Umyśle, tak istotą każdej rzeczy jest jej pojęcie w umyśle człowieka. Przy tej okazji zostaje wyłożona nauka o wewnętrznej strukturze bytu ludzkiego obejmującej: intelekt, rozum i zmysł wewnętrzny. Należy zauważyć, że Eriugena określa człowieka przez jego zdolności poznawcze, dając tym samym początek tradycji intelektualistycznej w średniowieczu.